（一）传播主体泛化，科学共同体缺失
新媒介普及为大众提供了充足的获取科学信息的途径和多渠道的信息发布平台，这就使得社会公众参与科学传播近乎零门槛。不仅是科学精英、政府机构，普通大众也能成为科学传播的重要主体。实质上，我国掌握较多专业知识的科研人员在科学传播过程中的参与度并不高，许多科技工作者往往只注重论文和专著成果的发表而轻视科普工作传播，因此网络上相当大比例的科学信息是通过普通民众发布或传播的。这些传播主体并不全部都具备采编科学信息的科学素养和专业技能，因此科学信息的准确性与合理性是无法保障的。更糟糕的是，新媒体的交互性、及时性、互动性等传播机制会形成裂变式传播，其负面效应就会得到几何级放大。因此，这种传播门槛低、主体泛化的现象就会导致科学传播过程中专业性缺失、虚假信息泛滥以及科学权威性受损等弊端。
（二）传播内容混杂，监管机制弱化
新媒体的开放性特征，降低了各类主体进入科学传播领域的门槛，这种特征为大众提供了参与平台的同时，也暴露出许多问题。由于新媒介环境下科学传播过程中“把关”的弱化，各种夸大、虚假的科普产品和服务“浑水摸鱼”，让大众难辨真伪。例如，许多未经核实的“伪科学”被传播漫延，许多优秀的原创作品被无限制的抄袭、转载，知识产权得不到保护；类似于占卜、算命等迷信活动也凭借新媒体的传播特性和技术手段，打着科学的幌子变相传播。由此可以看出，新媒介背景下的科学传播仍然缺乏规范有效的市场准入机制，健全的传播行为监督管理体系以及完善的政府支持配套设施，这也是阻碍新媒体科学传播健康发展的枷锁。
（三）新媒体科学传播人才匮乏
科学传播是一项专业性较强的活动，且涉及领域广泛，受众层次不一，要求相关从业人员不仅要具备较高的专业水平，一方面要对自然科学及社科类知识有一定储备，要有良好的人文素养，另一方面要具备过硬的传播基础知识，能够熟练地掌握新媒体传播技术、手段和渠道。当前，我国科技知识的生产者和传播者在职业形态上不断分化，尚未形成专门的系统的新媒体科学传播人才培养体系，导致大量科学信息资源无法发挥其潜在效能。例如，科技记者或编辑等媒体工作人员，他们大多数人都未接受过科技传播的系统训练，普遍缺乏相关的科学知识和素养；现有科学传播工作人员因进修学习的机会较少，而导致专业知识跟不上时代发展，科学精神和科学方法欠缺等问题。
（四）受众层次化特征明显
虽然新媒体的出现在一定程度上顺应了时代发展潮流，但由于现代科技事业发展的专业化、科技信息分流以及科学传播功能分化状况日益明显等因素，使新媒体科学传播的受众范围存在一定局限性，尤其体现在传播与认知群体上。一方面，科学传播中难免会涉及到专业用语，科学传播从业者往往倾向用公式、模型、实验数据以及晦涩难懂的学术用语来解释科学新发现或证明科学问题。对于那些非专业领域的受众或者科学素养较低的受众来说，这样的科学知识“高不可攀”，从而会降低对科学信息的关注度。另一方面，虽然新媒体的使用和操作简单、便捷，但并非所有人都能很好地掌握新媒体的使用方法。除了年龄偏大的人群因生理发展阶段特性导致其不善于学习、接受新技术手段以外，青年人群中不擅于使用新媒体的也大有人在。